El filtro de combustible suele estar entre el tanque de combustible y la bomba de combustible, y está a cargo de eliminar cualquier impureza del combustible capaz de obstruir los inyectores o dañar de algún otro modo el motor. A menudo, los temblores esporádicos del auto y los problemas de encendido son síntoma de que el filtro de combustible está obstruido. Para reemplazar el filtro, en general se necesitan herramientas especializadas e implica desactivar la bomba para reducir la presión del combustible de las líneas. Conducir un auto con un filtro de combustible obstruido hace que la bomba trabaje más para llevar el combustible al motor, lo que puede llevar a que la bomba deje de funcionar antes de tiempo.
Existen un par de pasos fáciles para prolongar la vida del filtro de combustible: usar combustible de calidad y mantener el tanque lleno. El combustible de calidad tiene menos componentes que pueden obstruir el filtro. Un tanque lleno evita que la humedad del aire se condense en las paredes del tanque en mañanas frías. La humedad condensada oxida el tanque de combustible de adentro hacia afuera y hace que se acumulen sedimentos de óxido en el fondo del tanque. Esos sedimentos pueden terminar en el filtro de combustible.